В 1999 году он был арестован ФСБ и обвинён в государственной измене. Сам он заявил, что, будучи гражданским специалистом, не имел доступа к секретной документации.

Организации Amnesty International и Human Rights Watch считают Сутягина политическим заключённым. В Human Rights Watch отмечали, что “в ФСБ не оказали уважения праву Сутягина на честное разбирательство: выдвинутые против него обвинения имели расплывчатую формулировку, нечётко, его утверждения, что он пользовался только открытыми источниками информации, не были проверены; следствие основывало обвинения на секретных постановлениях, с которыми Сутягину не разрешалось ознакомиться”.

В 2004 году, после более чем четырёхлетнего предварительного заключения, Игорь Сутягин был признан виновным и осуждён на 15 лет заключения в колонии строгого режима. В 2005 году его перевели в Архангельскую область, где он находится по сей день.

В апреле этого года Парламентская ассамблея Совета Европы призвала российские власти “использовать все доступные юридические средства”, чтобы освободить Игоря Сутягина.

В докладе по вопросам прав человека за 2007 год Госдепартамент США поместил Игоря Сутягина в число российских политических заключённых.